尿尿阴茎疼的原因是：1.有可能是尿道炎导致的，也有可能是膀胱炎。2.有可能是包皮太长或者是工作的手淫，频繁的性生活导致的，平时一定要注意多喝一些白开水促进排尿，把身体里面的毒素排出去，一定要避免太频繁的性生活，控制性生活的次数，避免憋尿。